Tout commence donc lors des premiers travaux de restauration de l'église. C'est à ce moment que Béranger Saunière aurait découvert plusieurs parchemins.
On raconte que suite à cette découverte, il fera plusieurs voyages à Paris pour faire expertiser les documents et que dès 1892, il entame de grands travaux qui semblent être au dessus de ses moyens et au dessus de ceux de la paroisse.
Durant son diocèse, Saunière adoptera un comportement plutôt étrange. On le voit errer dans le cimetière, détruire des inscriptions sur des pierres tombales, quadriller la campagne environnante pour ramasser des pierres, effectuer des fouilles...
Finalement, il érige une tour à l'architecture douteuse ainsi que la villa Béthanie, imposante bâtisse qu'il finance mystérieusement.

Chaque 17 janvier, un phénomène lumineux curieux se déroule dans la petite église Marie-Madeleine de Rennes-le-Château.
Vers midi, le soleil frappe dans les vitraux et les rayons lumineux forment ce que certains croient identifier comme des pommes bleues, faisant référence au message codé découvert dans l'un de deux parchemins découverts par Saunière et dont des copies sont disponibles.
L'authenticité de ces derniers reste toutefois à démontrer.